ישראל כהן (רדיו 'קול ברמה') הסביר מהו מקור הסכסוך הפנימי בישיבת פוניבז', שהביא לשני מחנות פנימיים: "זה התחיל בשליטה, כסף, כבוד וכוח, אבל יש גם את התפיסה הדתית". לדבריו כולם רואים את ישיבת פוניבז' כישיבה אחת, אולם האמת היא שיש שתי ישיבות וזה קרה בעקבות סכסוך עתיק.