ביקורת קשה נרשמה במוסד על שר החוץ אלי כהן, זאת לאחר פגישתו עם שרת החוץ הלובית שגרמה לפיטוריה. גורמים במוסד טענו כי התנהלות השר הובילה לנזק עצום לקשר בין ישראל לוב, שיהיה קשה לשקם, לדבריהם: "הוא שרף את הגשר. אין לזה תקומה".
אפרים הלוי, לשעבר ראש המוסד וראש המועצה לביטחון לאומי, התייחס לדברים: "אין ספק שיש פה תקלה רצינית. אני חושב שהיה נדרש איפוק בפרסום מפגש כזה. מה גם, כפי שהתברר, יש שם גם סכסוכים פנימיים בתוך הממשלה, בין רה"מ לבין שרת החוץ לשעבר. איני חושב שהפרסום הועיל להמשך היחסים עם לוב".
מה האינטרס שלנו ליחסים עם לוב?
"אני חושב שזה לא יועיל לאזרח הישראלי. לוב היום היא מדינה נחשלת. לוב היא מדינה שיש בה הרבה נפט, אני לא חושב שישראל זקוקה לנפט הלובי היום, כך שאינני חושב שיש פה אינטרס מסחרי".
זה מופע של יח"צ?
"ככה זה נראה. מה גם שכנראה, לפי מה שנמסר בתקשורת, גם במשרד החוץ היו רבים שחשבו שאין לפרסם את האירוע הזה וחבל שהשיקול המיידי הפוליטי, של השר העומד בראש המשרד גבר על השיקול המקצועי בתוך המשרד עצמו".
בהמשך התייחס לגבי הסכם נורמליזציה אפשרי עם סעודיה, וטען: "הקשר עם סעודיה הוא מאוד רציני, משמעותי. צריך לזכור שערב הסעודית היא המרכז של העולם המוסלמי בכללו. סעודיה היא המדינה שמסמלת את האסלאם העולמי גם ולכן יש ערך גדול מאוד ליחסים עם סעודיה. יש לקוות שהיחסים איתם לא יזכו ליחס שהיה עכשיו בפרשה הלובית".