שיתוף הפעולה של ארגון אונר"א עם ארגון הטרור חמאס ברצועת עזה לאורך השנים התגלה במערכה האחרונה. בירושלים ציר חמאס-אונר"א פועל גם כן על פי סגן ראש העיר אריה קינג. בריאיון ל-103fm הוא התייחס לדברים ותקף בחריפות את פעילות הארגון.
"עדיין קשה להסביר לאנשים שחמאס עזה זה חמאס ירושלים ואונר"א עזה זה אונר"א ירושלים", אמר קינג בכעס. "יש לאונר"א בירושלים שבעה בתי ספר ומוסדות חינוך מכיתה א' ועד י"ב ושמה הם מרעילים את הילדים. זה תכליתם של המוסדות הללו", טען.