מבקר המדינה מיכה לינדנשטראוס ז"ל קבע ב-2008 כי ישנם ליקויים בציון קברו של הרשב"י, במשרד המבקר חיברו דוחות מעקב נוספים לאחר הקביעה הזו, ובהם נכתב כי ישנם ליקויים חריגים במקום. יוסי הירש שהתריע בשנת 2011 על הליקויים במקום במסגרת תפקידו כראש אגף במשרד מבקר המדינה, סיפר לבן ואריה על בעיות הבנייה במקום: "בין השאר הייתה שם בנייה בלתי חוקית די משמעותית, ומבנים ארעים שמסוכנים למי שמשתמש בהם. לא הוצאו להם צווי הריסה, אפשר להסדיר את העניין יש פה שתי אופציות ואף אחת לא מומשה. יש גם ליקויים שהם לכאורה ליקויים מנהלים כאלה ואחרים, יש שם ועדת חמישה שאמורה לפקח בין היתר על כספי התרומות וביקורת על הבניה והפיצויים - לא היה פיקוח כזה. יכול להיות שאם היה מתקיים פיקוח זה היה הרבה יותר טוב, וגם לדעת שהכספים מגיעים ליעדם".